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Entre Neuville sur Ain et sa confluence avec le fleuve Rhône, la rivière d’Ain conserve une dynamique fluviale très active, en dépit du contrôle de son régime hydraulique opéré par les barrages successifs édifiés à l’amont. Cette mobilité génère une mosaïque de milieux naturels diversifiés, qui accueillent des types d’habitats naturels (forêts alluviales, pelouses à Stipe penné…), une faune et une flore remarquable.
Le cours de la rivière, dont le peuplement piscicole conserve des espèces comme l’Ombre commun, la Lote de rivière ou l’Apron, accueille également la Loutre et le Castor d’Europe.
Les stades de végétation successifs, des formations pionnières sur bancs de graviers jusqu’à la forêt alluviale mixte de bois durs, accueillent chacun leur cortège propre d’espèces. Le paysage et rythmé par les « lônes » (milieux humides annexes alimentés par le cours d’eau ou la nappe phréatique, correspondant souvent à d’anciens bras de l’Ain) et les « brotteaux » installés sur les basses terrasses alluviales, et correspondant souvent paradoxalement à des milieux extrêmement secs. A sa confluence avec le fleuve Rhône, l’Ain dessine enfin un vaste delta naturel.
C’est pourquoi la basse vallée de l’Ain est inventoriée entre autres, en dépit d’un fonctionnement naturel déjà altéré, parmi les zones aquatiques remarquables du bassin dans le cadre du Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux Rhône-Méditerranée-Corse (SDAGE).
Enfin, le site est concerné par une importante nappe phréatique, dont il faut rappeler qu’elle recèle elle-même une faune spécifique. Il s’agit d’un peuplement à base d’invertébrés aquatiques aveugles et dépigmentés. Ainsi, 45% des espèces d’Hydrobiidae (la plus importante famille de mollusques continentaux de France avec une centaine de taxons : Moitessieria, Bythinella…) sont des espèces aquatiques qui peuplent les eaux souterraines et notamment les nappes. Une espèce considérablement raréfiée et dont la protection est considérée comme un enjeu européen, le Maillot de Desmoulin (Vertigo moulinsiana) vient d'être redécouverte sur ce site. Il s'agit d'un gastéropode hygrophile fréquentant les marais et les zones humides des régions calcaires, qui peut être observé sur les plantes des berges d'étangs et de rivières de plaine.
La biodiversité est considérée comme importante dans la nappe de la basse vallée de l’Ain.
Au sein de cet ensemble fonctionnel, la richesse du patrimoine biologique justifie la délimitation d’une proportion forte de ZNIEFF de type I (lônes, brotteaux, cours d’eaux phréatiques…).
Le zonage proposé souligne l’interdépendance étroite existant entre la rivière et ses diverses annexes naturelles.
L’intérêt fonctionnel de la basse vallée de l’Ain est tout d’abord d’ordre hydraulique (préservation de la qualité de la ressource en eau liée à la nappe phréatique fortement sollicitée, maintien d’un espace de liberté formant champ d’expansion des crues…). Les aquifères souterrains sont sensibles aux pollutions accidentelles ou découlant de l'industrialisation, de l'urbanisation et de l'agriculture intensive.
Il se traduit également bien sûr, en ce qui concerne la conservation des populations animales ou végétales :
- par le maintien d’un véritable corridor écologique, notamment pour la faune piscicole. Le SDAGE préconise le maintien de la voie de circulation constituée par le Rhône, l’Ain, le Suran et l’Albarine, en rapport avec la conservation de la zone à Ombre commun, et souligne l’importance d’une préservation des liaisons physiques entre la rivière d’Ain et le fleuve Rhône, dans l’objectif du bon fonctionnement des milieux et de la libre circulation des poissons. Il rappelle que la basse vallée de l’Ain s’inscrivait historiquement dans le domaine vital des poissons migrateurs rhodaniens ;
- d’une zone de passage et d’échange au sein des espaces désormais fortement artificialisés de la plaine de l’Ain,
- d’une zone de stationnement et de dortoirs pour l’avifaune (ardéidés…),
- ainsi que d’alimentation et de reproduction pour de nombreuses espèces remarquables en dehors de celles déjà citées (Gorgebleue à miroir, fauvettes aquatiques dont la Bouscarle de Cetti, Guêpier d’Europe, Pic cendré…).
Il ne faut pas oublier pour autant l’intérêt paysager de cet ensemble (avec notamment le site classé du confluent Ain-Rhône), de même que géomorphologique (dynamique fluviale active), paléontologique (avec le gisement fossilifère de Mollon, cité à l’inventaire des sites géologiques remarquables de la région Rhône-Alpes), et scientifique dans le cadre notamment des études menées autour du dynamisme des écosystèmes fluviaux.
