Le vaste plateau des Dombes (ou de la Dombes), assis sur un substrat tertiaire, est recouvert de moraines glaciaires et de limons loessiques récents.
La grande extension de ces niveaux géologiques imperméables a été mise à profit dès l'époque médiévale pour l’installation d’un des réseaux d’étangs les plus importants de France.
La Dombes constitue un véritable cas d’école, celui d’un « agrosystème » modelé de longue date par l’homme, caractérisé par un haut niveau de biodiversité et une très grande originalité paysagère et biologique.
Il s’agit d’une zone humide d’importance majeure, identifiée par ailleurs en Zone Importante pour la Conservation des Oiseaux (ZICO). De même, elle est mentionnée dans le Schéma Directeur d’Aménagement et de gestion des Eaux du bassin Rhône-Méditerranée-Corse parmi les zones humides remarquables à l’échelle du bassin.
Au sein de la région Rhône-Alpes, c’est en outre l’ensemble naturel caractérisé par la plus forte « originalité » en ce qui concerne le peuplement d’oiseaux. Il est également connu pour son intérêt en matière de libellules, avec notamment la présence d’une population importante de Leucorrhine à gros thorax, une libellule très rare.
La flore des étangs est également d’une grande originalité et compte de nombreuses espèces rares (Plantain d’eau graminé, Etoile d’eau, Elatine verticillée, Elatine à trois étamines, Pilulaire à globules, Limoselle aquatique, Lindernie couchée, Marsillée à quatre feuilles, Cicendie fluette…).
Le patrimoine biologique exceptionnel des étangs ainsi que de certains marais ou boisements périphériques justifie leur classement intégral en ZNIEFF de type I.
L’enveloppe plus large délimitée par la ZNIEFF de type II traduit quant à elle l’intérêt fonctionnel majeur, dans la conservation du patrimoine biologique de ce remarquable réseau d’étangs, des espaces périphériques agricoles ou forestiers, ainsi que des réseaux hydrauliques parcourant le bassin versant.
En effet, le maintien en bon état de conservation écologique des étangs est tributaire du mode d’occupation de leur bassin versant : la régression continue des surfaces en herbe (notamment en périphérie des étangs), l’effacement progressif du maillage de haies et de boqueteaux (plus ou moins accentué selon les secteurs du plateau), l’étalement urbain, la multiplication des infrastructures ou les pollutions diffuses font désormais courir le risque d’une banalisation rapide de cette région d’exception.
L’intérêt fonctionnel de cette zone est tout d’abord d’ordre hydraulique (ralentissement du ruissellement, auto-épuration des eaux…).
Il se traduit également bien sûr, en ce qui concerne la conservation des populations animales ou végétales, comme zone de passages, zone d’échanges et étape migratoire, zones de stationnement ou de dortoirs (essentiellement pour l’avifaune migratrice), ainsi que comme zone d’alimentation ou liée à la reproduction de nombreuses espèces remarquables, notamment en ce qui concerne l’avifaune nicheuse (neuf espèces d’ardéidés, Cigogne blanche, anatidés -dont le Canard chipeau, la Sarcelle d’été, la Nette rousse-, Busard des roseaux, Echasse blanche, Guifette moustac, Grèbe à cou noir, fauvettes paludicoles dont le Phragmite des joncs, et beaucoup d’autres en zone d’étangs, mais aussi Pics mar et cendré dans la frange forestière…).
Doit également être évoqué ici l’intérêt paysager de la Dombes, mais aussi géomorphologique (relief lié au retrait glaciaire), historique et ethnologique compte-tenu de l’originalité des modes de faire-valoir locaux, voire scientifique et pédagogique, du fait de la situation de cet espace de nature à proximité immédiate de l’agglomération lyonnaise.