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Le Haut-Bugey s’étend entre la cluse de Nantua à Bellegarde au nord et les cluses de l’Albarine et des Hôpitaux au sud. Dépassant rarement 1000 m d'altitude, ce massif est composé d'une succession de vaux dans sa partie ouest. Le climat conditionné par le relief, est caractérisé par de fortes précipitations (partout supérieures à 1000 mm/an). De par le caractère karstique du sous-sol, la circulation est avant tout souterraine ; les sources sont ainsi assez rares. La rivière de l’Oignin vient se jeter dans le lac de Nantua. Son cours d’eau assez préservé permet d’y observer aujourd’hui encore des espèces très intéressantes. Elle abrite notamment deux espèces de poissons remarquables : l’Ombre commun et la Lamproie de Planer. Cette dernière est la seule lamproie française vivant en permanence dans des eaux douces ; elle indique les eaux vives et non polluées. Les jeunes lamproies se nourrissent en filtrant dans la vase des organismes microscopiques. Une fois atteint l’âge adulte, elles ne se nourrissent plus jusqu'à leur mort. L’Ecrevisse à pattes blanches est un excellent indicateur de la qualité de l’eau et des habitats aquatiques. Sa régression, en partie due aux perturbations humaines, en fait une espèce très menacée. Sa congénère américaine, concurrente pour l’occupation de l’espace, peut également lui être néfaste en provoquant des déséquilibres biologiques ; en effet, elle est susceptible de propager la peste des écrevisses. Les prairies humides bordant la rivière présentent une flore très riche. Elles abritent ainsi la belle Fritillaire pintade, liliacée printanière dont la couleur évoque le plumage de la pintade ou un damier. Elle est devenue rare du fait de la destruction de ses habitats : endiguement des fleuves, plantation des prairies en peupleraies, maïsiculture…
