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Le marais de Genevray fait partie des zones marécageuses du Bugey. Autrefois mentionné pour un intérêt ichtyologique et ornithologique, son aspect botanique a depuis été étudié. Celui-ci s'avère particulièrement intéressant et les limites proposées ont été réajustées en conséquence. Plus au nord ont été aménagés deux étangs. L'impact humain est donc assez important sur ce site qui garde malgré tout un grand intérêt. L'est des étangs correspond à un "bas-marais" (marais tout ou partie alimentés par la nappe phréatique) alcalin. Malgré le piétinement important à certaines saisons, plusieurs espèces très intéressantes sont encore présentes. Signalons dans cette partie du site la présence du Peucédan des marais. Les étangs sont une zone majeure pour la reproduction du Crapaud commun. Plusieurs milliers d'individus se reproduisent ici. Plusieurs libellules rares sont aussi présentes. Au sud des étangs, le marais offre une belle mosaïque d'habitats naturels, tous plus riches les uns que les autres. La présence d'une végétation de sources alcalines (Cratoneurion) est très intéressante. Cet habitat est fortement menacé. Il se localise dans les secteurs détrempés en permanence, d'une grande richesse floristique, en ce qui concerne les mousses notamment. Aux abords des sources se développent également de belles stations de Rossolis à feuilles longues. L'ensemble est pâturé, ce qui entraîne un piétinement et un enrichissement important en matières organiques. Ce sont les prairies à Molinie bleue qui sont les plus concernées par ce phénomène. Le reste du "bas-marais" accueille une très intéressante flore (Gentiane d'Allemagne …). Ce secteur, d'une grande richesse biologique, est néanmoins fragile, et il convient d'être vigilant en ce qui concerne l'impact des aménagements présents à proximité des étangs.
