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Le tronçon identifié ici concerne le cours du Rhône et ses annexes fluviales; il est circonscrit à son lit majeur.
Il a été très profondément modifié par les aménagements hydrauliques.
Néanmoins, subsistent certains témoins des « Lônes » (milieux humides annexes alimentés par le cours d’eau ou la nappe phréatique, correspondant souvent à d’anciens cours ou à d’anciens bras), ou des « brotteaux » couverts de riches forêts alluviales installés sur les basses terrasses. La flore présente un grand intérêt (Epipactis du Rhône, Ache rampante…).
Cette partie du fleuve s’inscrivait auparavant dans l’espace fréquenté par les diverses espèces de poisson migrateur du Rhône, et cet axe demeure toujours de grande importance pour la migration des oiseaux.
Le secteur du Haut-Rhône est d’ailleurs cité (avec le lac du Bourget voisin) à l’inventaire des Zones Importantes pour la Conservation des Oiseaux (ZICO).
Les secteurs présentant le cortège le plus riche en terme d’habitats naturels et d’espèces de faune ou de flore remarquables sont identifiés ici par une forte proportion de ZNIEFF de type I.
Le zonage de type II traduit quant à lui l’importance des liens fonctionnels existant (notamment en matière hydraulique) entre celles-ci.
De plus, il illustre particulièrement les fonctionnalités naturelles liées :
- au régime hydraulique (avec un rôle naturel de champ d’expansion des crues),
- à la préservation des populations animales ou végétales.
Le cours du Rhône demeure notamment un corridor écologique remarquable. Ainsi, le Schéma Directeur d’Aménagement et de gestion des Eaux du bassin Rhône-Méditerranée-Corse (SDAGE) fixe des objectifs ambitieux de restauration biologique du fleuve, tant sur plan de la qualité physique que chimique. Il préconise en particulier le rétablissement des possibilités de migration des poissons, qu’ils soient amphihalins (Alose feinte du Rhône, Lamproies marine et fluviatile, Anguilles...), ou strictement d’eau douce (Ombre commun). Il évoque notamment à ce propos l’objectif guide du « plan migrateur », qui consiste à parvenir à la restauration des frayères historiques de l’Alose (région de Belley) sur le Haut Rhône. Le Rhône joue également sur cette partie de son cours un rôle important de zone de stationnement et de dortoir pour l’avifaune migratrice, de zone d’alimentation ou liée à la reproduction des espèces (Ombre commun, Harle bièvre, crapaud Sonneur à ventre jaune, Castor d’Europe...).
