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Le massif du Bugey est une région d’une très grande richesse biologique. A l'écart des principales voies de communication, au moins dans sa partie la plus au sud, il reste bien préservé. L'ensemble est particulièrement diversifié. D'ailleurs l'important nombre de secteurs remarquables dénombrés en témoigne. La zone considérée comporte plusieurs lacs (du nord au sud : lac de Virieu, le plus grand, lac de Riondet et lac de Pugieu), et leurs milieux humides annexes, ainsi qu'une partie de la rivière du Furans. Les lacs de Virieu et de Pugieu sont les vestiges d'un ancien lac qui occupait toute la dépression dans laquelle ils sont situés. Des marais se sont développés tout autour. Ce sont des tourbières "basses", ou tourbières alcalines. Ce type de tourbière se développe sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les tourbières alcalines sont présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Les milieux de tourbières alcalines sont très variés. Ici, une ceinture de Marisque borde les deux étangs sud. Une aulnaie croît sur les bordures du site… A la surface de l'eau flotte le Nénuphar blanc; en bordure, se développe l'Ecuelle d'eau. D'autres plantes remarquables sont également présentes typiques des zones humides : Fougère des marais, Laîche à fruits velus…La faune des lacs de Virieu et de Pugieu est également riche. Elle comporte notamment plusieurs espèces de libellules. Les demoiselles (zygoptères) telles que l'Agrion gracieux, l'Agrion à pattes larges et l'Agrion délicat fréquentent surtout le pourtour des lacs nord. Les libellules (anisoptères) semblent préférer les parties plus ensoleillées des lacs. On remarque ainsi la présence de l'Aeschne isocèle, de l'Anax napolitain, de la Libellule fauve et de la Cordulie à taches jaunes. L'avifaune nicheuse est représentée notamment par le Busard des roseaux. Au sud-ouest du site coule le Furans. Bien qu'invisible, le Castor d'Europe est présent sur cette partie du cours d'eau comme l'attestent de nombreux indices (en particulier arbres et arbustes rongés).
