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Cette zone naturelle intègre l’ensemble fonctionnel formé par le cours moyen de l’Arve entre la Plaine de Sallanches et l’agglomération genevoise, ainsi que la plus grande partie de son principal affluent : le Giffre. Elle inclut leurs annexes fluviales et les zones humides voisines.
En dépit des aménagements hydrauliques de grande ampleur réalisés, notamment sur l’Arve (endiguements…), ainsi que des modifications induites par l’extraction des matériaux alluvionnaires, l’ensemble conserve un grand intérêt naturaliste, avec une juxtaposition de biotopes humides d’eau courante ou stagnante (vasières, "îlages" graveleux, anciennes gravières…) ou beaucoup plus secs sur les terrasses latérales.
Le Giffre conserve par ailleurs un caractère torrentiel affirmé, avec un « espace de liberté » important, favorisant le maintien d’un large cordon de forêts alluviales.
Outre plusieurs types d’habitats remarquables (eaux oligotrophes pauvres en calcaire…), on observe ici une flore très représentative de certains cours d’eau alpins torrentiels (Saule faux daphné et surtout Petite Massette, espèce en forte régression à l’échelle européenne et pour laquelle cet ensemble demeure un bastion important…), des terrasses alluviales sèches (Aster amelle, Erythrée élégante, Fétuque du Valais, Orchis punaise…), ou des zones humides et plans d’eau (Inule de Suisse, Germandrée des marais, Pesse d’eau, Grande Naïade…).
La faune est très caractéristique qu’il s’agisse des poissons (Brochet, Ombre commun…) des mammifères (Castor d’Europe, Putois, Crossopes aquatique et de Miller, chiroptères…), des oiseaux (ardéidés, Chevalier guignette, Harle bièvre, anatidés nicheurs ou stationnant, fauvettes aquatiques…) ou des batraciens (crapaud Sonneur à ventre jaune…). L‘ensemble se caractérise également par une très grande richesse en libellules.
Le zonage de type II souligne les multiples interactions existant au sein de ce réseau fluvial, dont les tronçons abritant les habitats ou les espèces les plus remarquables sont retranscrits par une très forte proportion de zones de type I (rives et anciennes gravières, marais, versants ou prairies sèches…).
En terme de fonctionnalités naturelles, l’ensemble exerce tout à la fois des fonctions de régulation hydraulique (champs naturels d’expansion des crues) et de protection de la ressource en eau.
Il constitue un corridor écologique pour la faune (Castor d’Europe, Ombre commun...) et même la flore colonisant les secteurs alluviaux (Petite Massette), ainsi qu’une zone d’échange avec le fleuve Rhône à l’aval.
Il joue également un rôle de zone de passage, d’étape migratoire, de zone de stationnement, mais aussi de zone de reproduction pour certaines espèces (frayères à Brochet…), dont celles précédemment citées.
Il souligne enfin le bon état de conservation de certains secteurs, en rapport avec le maintien de quelques populations d’Ecrevisse à pattes blanches, espèce réputée pour sa sensibilité particulière vis à vis de la qualité du milieu. Cette écrevisse indigène est devenue rare dans la région, tout spécialement à l’est de la vallée du Rhône.
L’ensemble présente par ailleurs un intérêt géomorphologique (morphodynamique torrentielle…), récréatif et pédagogique, d’autant plus qu’il avoisine (surtout à l’aval) des secteurs densément urbanisés.
