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La ZNIEFF « Gorges de la Jonte » est située dans le Parc National des Cévennes à l'extrême sud-ouest de la Lozère, à cheval sur le département de l'Aveyron. Elle est constituée par le vaste ensemble de gorges creusées par la rivière de la Jonte entre le Causse Noir et le Causse Méjean. Le territoire concerné s'étend de Meyrueis en amont au Rozier en aval. Orienté est-ouest, il s'étend sur une longueur de 30 kilomètres environ et couvre une superficie de 2 583 hectares. L'altitude varie entre 400 et 1 000 mètres avec des dénivelés allant jusqu'à 500 mètres.
Le périmètre de la ZNIEFF est marqué :
- à l'amont, par les limites avec les zones habitées du village de Meyrueis et les thalwegs sur les versants ;
- à aval, par des lignes de crêtes et la route montant au rocher de Capluc depuis le Rozier ;
- au nord et au sud, par des lignes de crête et le rebord du causse, en s'appuyant parfois sur les routes, pistes et chemins.
