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La ZNIEFF des Embouchures de l'Agly, du Bourdigou et de l'Auque est située sur le littoral Catalan, à dix kilomètres au nord-est de la ville de Perpignan.
Elle occupe 488 hectares entre le complexe lagunaire de Salses-Leucate au nord et la plaine du Roussillon à l'ouest et au sud.
Elle correspond à une zone littorale caractéristique (dune et arrière-dune) composée d'un système estuarien. Les embouchures de l'Agly au nord et du Bourdigou et de l'Auque au sud, participent à son fonctionnement hydrologique et écologique.
Au sein d'un territoire au fort contexte touristique, la pression d'artificialisation du littoral est importante.
A l'est la limite s'appuie sur le trait de côte. Au nord, elle englobe le cours de l'Agly jusqu'à la route départementale 81. A l'ouest, le tracé est matérialisé par cette route, la laissant à l'extérieur. Au sud, le périmètre englobe le lieu-dit « les Ferranes « et sa limite est marquée par les aménagements de Sainte-Marie-Plage. L'urbanisation de Torreilles-Plage (campings, résidences ...) constitue une enclave qui n'est pas intégrée à la ZNIEFF.
