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Les Marais de Mahistre et Madotte se situent en Petite Camargue, au nord-est de l'agglomération d'Aigues-Mortes.
Cette ZNIEFF correspond à une dépression colmatée par des dépôts d'origine palustre où se développent des habitats caractéristiques des zones humides. Elle occupe une superficie de 140 hectares environ, au sein du complexe lagunaire de la Petite Camargue fluvio-lacustre. Les caractéristiques actuelles du milieu résultent des conditions naturelles originelles (sols salés, hydromorphie...). Des aménagements anciens ont permis d'assainir le sud de la zone. Le paysage de la ZNIEFF est ainsi marqué d'une multitude de fossés et de roubines qui délimitent autant de parcelles.
Eloignée du littoral et des circuits touristiques, la ZNIEFF se singularise par un environnement immédiat peu, voire pas anthropisé. Elle n'est pas exposée à la pression touristique et se trouve à l'écart des principales voies de communication. Seuls quelques mas habités et activités humaines traditionnelles d'exploitation des marais (sagne et chasse au Marais de Madotte, pâturage dans le sud de la ZNIEFF) perdurent dans la ZNIEFF et en bordure.
La ZNIEFF englobe les marais au lieu-dit « les Sablons « ainsi que ceux situés au nord et à l'est de ce dernier. Les limites reposent :
- au nord et au sud, sur le passage à des zones cultivées ;
- à l'est, sur le fossé qui sépare les zones humides des friches ;
- à l'ouest, sur le Canal du Rhône à Sète.
La ZNIEFF exclut les deux habitations du « Mas de Mahistre « et de « la Madotte «.
