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La ZNIEFF des Marais de Saint Louis se situe au sud de la ville de Narbonne et à l'ouest du massif de la Clape. Elle fait partie du complexe lagunaire des étangs du Narbonnais et occupe la marge nord-est de l'étang de Bages-Sigean. Cette zone humide de 214 hectares se compose d'une grande roselière entourée d'une mosaïque de prairies humides plus ou moins salées. Le centre des marais accueille un domaine agricole, le Petit Castelou. Aux abords de la ZNIEFF, on distingue d'autres domaines agricoles et des manades. L'absence d'intervention humaine de type intensif, l'absence d'éléments de dégradation paysagère et les difficultés d'accès et de pénétration du milieu, ont permis à cet espace de conserver un caractère naturel dominant.
Le périmètre de la ZNIEFF est délimité à l'est par la voie ferrée et des roubines, à l'ouest et au sud par l'étang. Au nord, du lieu-dit « le Bikini «, la limite est marquée par le passage de la roselière aux parcelles de prés salés puis matérialisée par la roubine du Canélou. Les domaines du Grand Tournebelle, de Tournebelle-le-Neuf et du Grand Castelou sont exclus du périmètre.
