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Les Etangs du Grand et du Petit Bagnas se situent au sud du littoral de Sète et du bassin de Thau. Ils occupent une vaste dépression constituant un ancien bras mort du fleuve Hérault. Le site repose majoritairement sur des dépôts sédimentaires fluvio-lacustres. Cette ZNIEFF correspond à une vaste zone humide de presque 700 hectares.
Elle est ceinturée par les stations balnéaires de Marseillan-Plage (est-sud-est) et du Cap d'Agde (sud-sud-ouest) ainsi que par les communes de Marseillan (nord-nord-est) et d'Agde (ouest). Elle est traversée en son centre par le canal du Midi, la route nationale 112 et une voie ferrée. Près d'une centaine d'ouvrages hydrauliques (martelières, vannes...) et de nombreuses infrastructures, certaines à l'abandon, (voie ferrée, pylônes et lignes EDF, ponts, maisons, hangars, chemins, affûts, cabanons pour l'élevage des anguilles...) sont présente au sein du périmètre de la ZNIEFF. Malgré une pression touristique importante et une anthropisation conséquente du secteur, elle s'inscrit dans un contexte naturel (ancien volcan du Mont St Loup, fleuve Hérault, étang de Thau). Aujourd'hui, le tourisme et l'agriculture constituent les bases de l'environnement socio-économique du site.
La ZNIEFF est aussi une Réserve Naturelle Nationale, gérée par une association, l'ADENA. Des parcours pédagogiques et des équipements sont installés dans le cadre du fonctionnement de cette réserve naturelle.
La ZNIEFF englobe le Domaine du Grand Bagnas, les Domaines du Petit et du Grand Clavelet, le Domaine du Petit Bagnas et le Gourg de Pairollet. Elle est précisément délimitée :
- au nord et au nord-ouest, par le lieu-dit « Les Mouillères « et les terres agricoles de St Michel qui sont incluses en partie ;
- à l'ouest, par la zone industrielle et les terres agricoles des Sept fonts ;
- au sud-ouest, par la route de Maraval, en contre bas des pentes du volcan « Mont St Loup « ;
- au sud, par la mer Méditerranée ;
- à l'est, par le Domaine des Onglous et le Gourg de Pairollet ;
- au nord-est, par un chemin communal.
Les limites correspondent partout à la transition des zones de marais ou de friches agricoles avec les zones de cultures ou urbanisées.
