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L'Etang de l'Arnel se situe sur le littoral héraultais, entre Palavas-les-Flots et Villeneuve-lès-Maguelone. Autrefois une immense lagune méditerranéenne s'étendait de La Grande-Motte à Frontignan. Sa fragmentation d'origine anthropique a créé ce chapelet de lagunes (étangs palavasiens) dont fait parti l'Arnel. D'une superficie d'environ 640 hectares, il est entouré à l'est, au sud et à l'ouest par d'autres lagunes méditerranéennes, par le canal du Rhône à Sète, le Lez et la Mosson. L'Etang de l'Arnel n'est donc pas directement en communication avec la mer. Au nord, son environnement immédiat se compose de quelques sansouïres et prés salés et de la plaine agricole de Maurin.
La chasse (au gibier d'eau) et la pêche (Anguille) constituent les principales activités traditionnelles se déroulant dans la ZNIEFF. La fréquentation touristique massive épargne l'étang lui-même, mais pas sa périphérie (sentiers équestres et pédestres, tourisme fluvial avec le Canal du Rhône à Sète).
La ZNIEFF englobe la zone lagunaire de l'Arnel. Les berges au nord-ouest, formant une avancée dans la plaine jusqu'à la route, sont les seules terres émergées incluses dans la ZNIEFF. Ailleurs, le périmètre correspond à la limite d'envahissement par les eaux. L'île d'Esclavon forme une enclave au sud-ouest de la ZNIEFF.
Les limites sont matérialisées par des axes routiers comme la D 185 au nord, la D 185E2 à l'ouest, ou des axes fluviaux comme le Canal du Rhône à Sète au sud.
