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L'étang de Lapalme se situe en bordure du littoral audois, au pied des Corbières maritimes. Il s'étend sur un peu plus de 4 kilomètres (pour 500 hectares), depuis l'agglomération de La Palme au nord, jusqu'à celle de la Franqui au sud. Cette lagune côtière méditerranéenne est située entre les complexes lagunaires de Bages-Sigean au nord, et de Salses Leucate au sud.
La communication avec la mer se réalise à travers un grau naturel dans la partie sud de l'étang. La partie sud de la lagune est traversée par la voie de chemin de fer reliant Port-la-Nouvelle et Perpignan, constituant, avec le pont de la route des Coussoules une zone d'étranglement.
L'étang de Lapalme est le réceptacle des eaux d'un petit bassin versant (65 km²) faiblement urbanisé, à vocation viticole dans sa partie continentale et touristique dans sa partie littorale.
L'environnement immédiat de cet étang se compose de zones humides périphériques (salins de Lapalme), d'une plaine dédiée à la culture de la vigne (plaine du Rieu) et de garrigues et pelouses sèches dominant ainsi l'étang (Cap Romarin et plateau de Leucate).
De nombreux hébergements de plein air et zones d'accueil de camping-car se situent tout autour de l'étang sur ses berges, ainsi que des axes routiers et des sentiers utilisés pour la randonnée équestre, pédestre et le VTT. L'étang de Lapalme n'est aujourd'hui que peu exploité pour la pêche professionnelle, contrairement aux étangs voisins. Il est par contre le lieu d'activités touristiques croissantes : activités nautiques, notamment le kite-surf et la planche à voile. La chasse au gibier d'eau est une activité traditionnelle qui se pratique sur les abords de l'étang de septembre à janvier.
La ZNIEFF comprend uniquement la lagune de Lapalme. Elle exclut toutes les berges émergées du pourtour de l'étang ainsi que la lagune du Grand Réservoir des Salins de Lapalme. Les îles « les Sèches « et celles situées au nord de ces dernières forment les quatre îlots principaux de terres émergées au sein de l'étang. La ZNIEFF intègre, au sud, l'avancée lagunaire jusqu'au Grau de la Franqui.
Les limites correspondent au changement de milieu entre lagune et berges ; elles sont parfois matérialisées par des canaux.
