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La ZNIEFF "Etang de la Capelle" est située dans le département du Gard, au nord-ouest d'Uzès, sur la commune de la Capelle-et-Masmolène. D'une surface d’un peu plus de 120 hectares, elle est centrée sur l'étang de la Capelle et englobe sa périphérie constituée notamment par des terrains temporairement inondables. L'altitude est comprise entre 175 et 180 mètres.
L’étang de la Capelle prend place dans une large dépression de marnes datées du Cénomanien inférieur et moyen, partiellement comblée par des formations complexes d'alluvions fluviatiles récentes à dominante argileuse. Alimenté par les eaux de ruissellement provenant des garrigues et des zones agricoles alentours, il est au cœur d’un bassin endoréique de 13 km2 environ. Il s'inonde lors des importants épisodes pluvieux de l'automne et de l'hiver, et peut s'assécher presque complètement en été.
Les marges de l'étang concentrent les enjeux écologiques, en particulier floristiques. Ces zones sont soumises à une inondation temporaire, variable suivant les années en fonction des quantités de précipitation. C'est là, à l'interface entre cultures et étang, que se développent d'importants cortèges de plantes méditerranéennes amphibies, comprenant plusieurs espèces protégées d'intérêt patrimonial particulièrement élevé avec notamment :
- la Salicaire faux-thésium (Lythrum thesioides) : considérée comme disparue au monde il y a encore peu, elle a été redécouverte à la fin des années 90 dans ce site. Cette découverte récente explique pourquoi elle n'a pas été concernée par les classements de protection qui sont antérieurs. Cette espèce très vulnérable et à éclipse est connue à ce jour de seulement trois localités récentes, toutes situées dans le Gard.
- la Salicaire à trois bractées (Lythrum tribracteatum), protégée au niveau national et dont la population est isolée et dispersée en France (Languedoc, Provence, littoral de Charente-Maritime et Vendée) ;
- l'Etoile d'eau à nombreuses graines (Damasonium polyspermum), petite plante amphibie généralement annuelle, connue d’une dizaine de communes de la région et protégée en France ;
- la Pulicaire commune (Pulicaria vulgaris), espèce européenne rare et protégée au niveau national, dispersée en Occitanie, surtout présente dans la plaine languedocienne.
De nombreuses autres plantes des milieux humides et aquatiques, peu communes à très rares en Méditerranée, sont encore relevées et témoignent du grand intérêt botanique du site. On compte par exemple des végétations aquatiques à grands Potamots avec le Potamot coloré (Potamogeton coloratus) et le Potamot luisant (Potamogeton lucens), des végétations aquatiques à Utriculaire australe (Utricularia australis), des gazons amphibies à Crypside faux-choin (Crypsis schoenoides) ou à Menthe des cerfs (Mentha cervina), etc.
Ce contexte de zone humide située à l’intérieur des terres est particulière propice à l’avifaune. De nombreux oiseaux se reproduisent au sein même de l'étang, dans les végétations hautes et denses à Roseau et Scirpe lacustre. C'est le cas notamment du Butor étoilé (Botaurus stellaris), qui a subit un fort déclin dans les cinquantes dernières années, et de la Rousserolle turdoide (Acrocephalus arundinaceus), espèce migratrice en régression en France du fait de la destruction des grandes phragmitaies dans lesquelles elle vit. Un très grand nombre d’oiseaux fréquentent également le site, en halte migratoire ou en période hivernale.
Le cortège de libellules est également important sur l'étang et compte plusieurs espèces déterminantes comme la Grande Aeshne (Aeshna grandis), l’Aeshne isocèle (Aeshna isoceles), le Leste sauvage (Lestes barbarus), ou le Sympétrum vulgaire (Sympetrum vulgatum).
Le périmètre de la ZNIEFF est délimité par les routes et chemins situés en périphérie (D279 au nord, D 219 à l'ouest, D982 au sud-est, route communale au sud, chemin à l'est), et ponctuellement par des limites de parcelle (au nord de l'étang).
