Le fond des vallées est occupé par une mosaïque de milieux comprenant essentiellement des plans d'eau et des fourrés marécageux (Salicion cinerae, Alnion glutinosae). Quelques prairies humides (Mentho-Juncion), des fragments de roselières (Phragmition communis) et de bas-marais tourbeux (Hydrocotylo-Schoenion) ou encore des tremblants pionniers, sur berges, à Fougère des marais (Thelypteris palustris) subsistent localement.
Les mares et étangs accueillent une végétation aquatique et amphibie diversifiée. Citons la présence d'herbiers à Nénuphars du Nymphaeion albae, des herbiers flottants à Lentilles d'eau du Lemnion gibbae, des herbiers flottants de l'Hydrocharition morsus- ranae, divers herbiers submergés (groupement à Ceratophyllum demersum) et des herbiers du Potamion pectinati (groupement à Myriophyllum verticillatum).
Les boisements se composent essentiellement de hêtraies-chênaies acidoclines, ainsi que de chênaies-charmaies (Carpino betuli-Fagion sylvaticae) et de frênaies-érablières sur les pentes.
Le Châtaignier est très abondant sur le plateau du Bois des Bruyères. Des ourlets à Germandrée scorodoine sont présents au niveau des coupes forestières.
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