L’ensemble des végétations sont réparties en mosaïque autour du Thérain.
Les prairies mésohygrophiles du Colchico autumnalis - Arrhenatherenion elatioris, fauchées ou pâturées de façon très extensive par des chevaux, sont présentes uniquement sur deux parcelles. Bien qu’elles soient dégradées, les prairies possèdent encore un nombre important d'espèces.
Le reste des prairies ont été notablement dégradées par le pâturage intensif bovin et dans une moindre mesure équin. Seul les espèces les plus eutrophiles et à port prostrées se maintiennent et se développent changeant ainsi la physionomie des prairies hautes et colorées en des prairies rases dû au piétinement du bétail (Lolio perennis - Plantaginion majoris) avec l’apparition d’ourlets eutrophiles (Aegopodion podagrariae) au niveau des zones de refus.
Les prairies de fauche mésophiles ou hygrophiles sont des milieux de plus en plus rares et menacés dans le nord de la France et dans l'ensemble de l'Europe. En Picardie notamment, à la suite des évolutions de l'économie agricole, les surfaces de prairies humides ont considérablement régressé. Celles d'Hondainville comptent parmi les dernières de la vallée du Thérain, où l'activité d'élevage est relictuelle : les nombreux lieux-dits « Les Prés », bien que forestiers aujourd'hui malgré leur nom, comme Les Prés, en amont, ou, en aval, Les Prés Halgreux, en témoignent encore.
Lorsque les peupliers ne sont pas plantés, des aulnaies-frênaies subatlantiques de l’Alnenion glutinoso - incanae proche du Pruno padi - Fraxinetum excelsioris sont présentes. En lisière de ces boisements, des mégaphorbiaies du Convolvulion sepium parfois à rattacher à l’Epilobio hirsuti - Convolvuletum sepium peuvent s’installer.
Au niveau d’un bras mort inondable, se développe une Aulnaie marécageuse de l’Alnion glutinosae. Il est l'un des seuls de la basse vallée du Thérain.
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