Sur les coteaux boisés, deux habitats forestiers adaptés à ces conditions originales de substrats et de pente occupent des superficies significatives. Il s’agit d’une part de la Hêtraie à Mercuriale vivace (Mercuriali perennis - Aceretum campestris) assez largement répartie sur les pentes et bas de pentes, et d’autre part de la Hêtraie atlantique à Jacinthe des bois (Endymio non scriptae - Fagetum sylvaticae), forêt acidicline ici plutôt localisée en haut de pente. Ces deux associations peu communes dans le Nord et le Pas-de-Calais sont incluses dans un concept de complexe forestier et sont mentionnées à l’annexe I de la Directive Habitats-Faune-Flore.
Les fragments résiduels de pelouses calcicoles plus mésophiles et la pelouse méso-hygrophile à Succise des Prés (Succiso pratensis - Brachypodietum pinnati) sont aussi inscrite à la Directive Habitats-Faune-Flore. Elle est considérée comme rare dans le Nord et le Pas-de-Calais. Cet habitat est présent sur les deux sites. Il traduit l’affleurement des marnes et craies marneuses sous les craies du Crétacé supérieur tout le long de la vallée de la Course. Cette pelouses est vulnérable dans le Nord et le Pas-de-Calais. La pelouse méso-hygrophile à Succise des prés peut facilement évoluer en végétation prairiale par des apports en fertilisants ou par surpâturage, ou alors en fourrés voire en boisements par l’abandon des pratiques pastorales ou par plantations volontaires. Le coteau du Fond de la Carnoye paraît aujourd’hui surpâturé et eutrophisé. La dynamique d’ourlification et de fermeture du milieu par les ligneux peut être considérée également comme une menace pour la pérennité des pelouses ; c’est notamment le cas au Bois du Puchelart où le bois s’étend de plus en plus sur les pelouses.
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