Malgré une exploitation humaine très ancienne et une gestion actuelle où la prise en compte de la naturalité reste imparfaite, le bois d'Epagne (grace à sa géomorphologie et sa géologie) présente une réelle diversité de végétations sylvicoles :
Boisements alluviaux de fond de vallon (Aulnaie et Aulnaie-frênaie des terrasses basses) avec présence du Millepertuis androsème, du Scille-Lys-Jacinthe, de la Renoncule à feuilles d'Aconit, de la Prêle d'hiver et de l'Isopyre faux-pigamon ;
Charmaies neutroclines des terrasses hautes riches en Laîche des ombrages, Renoncule tête d'or et Euphorbe d'Irlande ;
Frênaies mésohygrophiles des talwegs colluvionnés offrant des tapis d'Ail des ours et de Parisette à quatre feuilles ;
Hêtraies-chênaies acidiclines avec Houx, Chévrefeuille des bois et tapis de Jacinthe des bois ainsi qu'une variante neutrocline beaucoup plus diversifié avec la Mélique uniflore, la Laîche des bois, la Laîche glauque, le Millet des bois, l'Euphorbe des bois, la Mercuriale pérenne, l'Aspérule odorante...
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