Plusieurs habitats, dont certaines sont remarquables en région, ont pu être observés au sein de la ZNIEFF du marais de Longpont :
- Des Cariçaies à Laîche des rives et Laîche des marais (Groupements à Carex acutiformis et Carex riparia). Ce sont des végétations inscrites à l’annexe I de la Directive européenne Habitats – Faune – Flore qui sont également déterminantes de ZNIEFF en Hauts-de-France. Il s’agit d’habitats déterminants de ZNIEFF.
- Des forêts à Frêne commun et Grande Prêle de l’Equiseto telmateiae - Fraxinetum excelsiori, potentiellement rares et quasi-menacés en région. Ce sont des végétations inscrites à l’annexe I de la Directive européenne Habitats – Faune – Flore qui sont également déterminantes de ZNIEFF en Hauts-de-France.
- Des mégaphorbiaies du Filipendulo ulmariae - convolvuletea sepium dont certaines peuvent être rattachées à des mégaphorbiaies eutrophiles à hypertrophiles mésothermophiles intérieures du Convolvulion sepium, végétations communes en région.
- Des boisements calcicoles à ambiance thermophile du Carpino betuli - Fagion sylvaticae, assez communs en région et déterminants de ZNIEFF.
- Des roselières à Morelle douce-amère et Phragmite commun (Solano dulcamarae - Phragmitetum australis), végétation inscrite à l’annexe I de la Directive européenne Habitats – Faune – Flore. Elle est considérée comme potentiellement peu commune et non menacée en région.
- Des fourrés composés majoritairement de saules sur sols engorgés (Salicion cinereae) globalement assez communs en région mais dont certaines associations végétales peuvent être déterminantes de ZNIEFF.
- Des chênaies-frênaies fraîches (Fraxino excelsioris - Quercion roboris), assez communes en région. Ce sont des boisements déterminants de ZNIEFF.
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