Une partie des habitats Ligériens s'expriment de façon fluctuante d'une année sur l'autre, en lien avec les variations du niveau de la Loire. Ainsi, les habitats patrimoniaux de bas niveau topographique comme l'Heleochloion scheonoidis et une partie du Chenopodion rubri, cités en 2007, n'ont pu être réobservé en 2021.
Les végétations les plus basses du point de vue topographique, observées en 2021, sont rattachables au Chenopodio botryos - Corrigioletum litoralis. Ces végétations évoluent lentement, en passant par un ensemble de végétations de friches du Dauco carotae - Melilotion albi, vers des pelouses rases dominées par les Orpins (Syntrichio ruralis - Sedetum micranthi). Ces dernières sont déterminantes de ZNIEFF.
Les végétations prairiales sont observées sur le site au sein du bocage de la Grande Ile et de celle de Bondésir. Ces espaces prairiaux font l'objet d'un pâturage bovin probablement en rotation avec des périodes de fauche. Les végétations observées en 2021 sont ainsi très variables en fonction de l'intensité du pâturage mais également de leur possible inondation hivernale. Les végétations prairiales les plus représentées, et également les plus banales, sont rattachable à l'Alopecuro pratensis - Arrhenatheretum elatioris et à l'Eryngio campestris - Lolietum perennis. Certaines végétations ressortent néanmoins comme le Bromion racemosi, déterminant de ZNIEFF ou encore des prairies plus oligotrophes de l'Hordeo secalini - Arrhenatheretum elatioris ou du Rumici thyrsiflori - Arrhenatherenion elatioris. Notons par ailleurs une parcelle prairiale dominée par les chiendents (Equiseto ramosissimi - Elytrigion campestris), en rive gauche de l'Indre, qui abrite un riche cortège d'espèces patrimoniales (Armeria arenaria, Carex praecox, Millium scabrum...).
Les forêts alluviales de bois dur sont globalement en bon état, notamment sur l'Ile de Bondésir et la Grande Ile. Très probablement également sur la Petite Ile. Les forêts alluviales de bois tendre ont tendance à être colonisées par l'Erable negundo.
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