Le marais d’Ecquemicourt compte sept habitats déterminants de ZNIEFF, dont quatre revus en 2019.
Les bords des mares présentent pour la plupart une roselière à Phragmite commun et Morelle douce-amère (Solano dulcamarae - Phragmitetum australis). Les sols moyennement enrichis permettent l’expression de mégaphorbiaies mésoeutrophiles du Thalictro flavi – Filipendulion ulmariae, notamment la mégaphorbiaie du Valeriano repentis - Cirsietum oleracei, peu commune et quasi menacée dans le Nord et le Pas-de-Calais.
La sècheresse de l’été 2019 a probablement fortement impacté les végétations aquatiques ; lors des prospections toutes les mares à l’ouest étaient à sec. Seule la mare sur le site du CEN était encore en eau et un herbier flottant à Renoncule aquatique (Ranunculetum aquatilis) a pu y être observé.
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