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En dehors de la connaissance globale actualisée des aires de répartition des espèces, de nombreuses expertises ou évaluations en matière de biodiversité peuvent également nécessiter des listes d'espèces de référence administratives (voir http://inpn.mnhn.fr/accueil/recherche-de-donnees/coll-terr). Celles-ci permettent d’élaborer les politiques de conservation d'espèces à ces niveaux administratifs ou aux niveaux supérieurs.
Le Muséum gère ces deux niveaux de connaissance dans le cadre d'un atlas d'espèces par département. Le département est en effet une entité administrative pertinente qui a l'avantage de constituer une unité d'inventaire assez fine pour apporter un niveau d'information biogéographique acceptable sur la répartition des espèces mais qui nécessite un effort d'acquisition de données suffisamment réduite pour envisager des mises à jour fréquentes.
Par extension, le milieu marin a été découpé en secteurs marins qui sont des unités calées en partie sur les départements terrestres. Un « département » est donc ici un département administratif (métropole ou outre-mer), une collectivité d'outre-mer ou un secteur marin.
Les informations synthétiques présentées sur ces cartes peuvent être basées sur des avis d'experts (présence probable ou absence de l'espèce). Ces avis s'appuient toutefois sur au moins une observation validée dans une période récente pour ce qui concerne la présence certaine de l'espèce. Un point novateur réside dans l’estimation de l’absence de l'espèce qui est clairement différencié de l'absence d'information.
Cet atlas ne se substitue en rien aux inventaires nationaux, plus fins et plus informatifs. Cette approche à l'avantage d'établir une répartition synthétique pour des groupes où la connaissance est encore limitée. C'est un point de départ pour initier des inventaires nationaux ou cibler les régions où des prospections sont à réaliser, et ces répartitions permettent de détecter facilement des données aberrantes.
